基隆要塞司令官邸為日式木結構建築，典型之日式宿舍空間融合洋式風格內裝為其主要特徵。在建物格局上，除後期因使用需求增建了部分的生活設施，如東側之廁所、廚房，以及部分雨棚外，整體建築仍完整保存了傳統日式宿舍之風貌。最大的特色是擁有完整的雨淋板牆面，並保留日式屋舍中最具傳統風貌的壁龕、押入（日式壁櫃）、天袋（壁上小抽屜）等設備，押入上方的活動夾板，尚可通往屋頂的構架空間，保留了原始屋頂維修的通道動線。布基礎高80公分，較一般日式建築45公分高達2倍之多。 修復前，前院與後側院的原有磚砌牆呈現全倒、半倒、傾斜，前院大門佚失，門柱部分完整留存，部分斷裂，整體樣貌大致維持原貌，但破損情況嚴重。附屬建物屬後期新建，倒塌嚴重，植栽根系破壞嚴重。修復工序分為「假設」、「拆除」、「基礎與木作」、「屋面瓦作」、「地坪」、「牆面」、「油漆」、「駁坎修復」、「除苔滅菌清洗防護」、「蟲蟻防治」與「消防設備」等部分進行。由於現況損毀嚴重，將以現場殘跡及老照片進行形貌仿作復原。並參考傳統日式建築工法，進行細部處理，無法考證部分，則以現代材料工法進行區別。 其中基礎與木作工程包括從基礎磚束檢修與施作過程，到有關木作材料之項目從床組（土台、大引、根太）、軸組（獨立木柱、敷居、鴨居）、 屋架（軒桁、陸樑、小屋組）、屋面（棰木、野地板）、外牆（雨淋板、凸窗、雨庇）進行加工組立。屋面瓦作主要以還原燒文化瓦修復，下方以透氣防水毯作為防水層，搭配簷口局部銅瓦作為收邊樣式，另外端部鈁飾依照流水家徽進行仿製與安裝。牆體設計包含木柱新作、木摺漆喰壁新作、雨淋板新作、羽目板及幅木新作。地坪工程則主要為磨石子地坪檢修、磁磚地坪檢修。修復工程已於民國109年（2020）完成，並於完工後開放民眾參觀。