第二期修復計畫之工程於民國109年（2020）05月08日開工至民國110年（2021）03月04日完成修復，主要修復建物為16號倉庫（菸葉除骨加工區）、複薰加工區、打卡室及警衛室，16號倉庫（菸葉除骨加工區）與菸葉複薰加工區作為｢屏東菸葉館」使用，打卡室及警衛室則為｢服務中心」使用，透過建物及加工機具基礎修復，建置菸葉博物館產業展示空間，於平面層設置梯廳、辦公室、廁所、逃生梯等服務空間與相關設施。 以廠區歷史建築本體，創造菸產業脈絡的展示體驗，串連中山堂、鍋爐室等歷史建築以及現有附屬設施空間，結合數位科技以及景觀規劃，整合高屏菸史、菸樓體驗、族群菸史、菸業加工、菸業轉型及菸害防制等多元議題，於園區內建立菸產業歷史展示，結合「屏東縣大博物館計畫」軟性資源盤整、策略分析及博物館營運機制，對應至廠區空間規劃及附屬設施的彈性運用，使園區成為市民共享、連結在地的指標性開放空間。