於民國91年（2002）縣政府以「澎湖廳憲兵隊」的名稱登錄為歷史建築，營區內包括西側圍牆、L形大廳（ 指揮大樓）、劍擊室、馬房、日式宿舍等，及民國47年（1958）以後增建的地下戰堡、防空砲座等軍事設施都是頗具保存價值的文化資產。 指揮大樓是日治昭和6年（1931）改建的一層鋼筋混凝土建築，採用日本在關東大地震日治大正12年（1923）之後，所謂改良官舍的建築型式，曾做為「馬公港指揮部」（簡稱港指部）。劍擊室及馬房位在指揮部大樓西側，是一棟磚木造的一、二層建築。日式宿舍（獨棟及雙拼各一間）位於基地最北側，都是和室的魚鱗板一層建築，獨棟宿舍北側有寬敞的檐廊，外接一小片日式庭園；雙併宿舍東側的廚房、浴室外牆各有1支清水紅磚造的煙囪（尚保存良好）。寢室大樓為民國84年（1995）改建之一棟兩層的鋼筋混凝土造的大樓。民國109年（2020）設立「洪根深美術館」。