第一賓館前身為日治時期的「貴賓館」，於昭和18年（1943）竣工落成。1949（民國38）年5月17日，已下野的蔣中正總統首度飛抵澎湖馬公，下榻貴賓館；直到時任臺灣省政府主席的陳誠先生安排妥當後，乃於5月26日自馬公飛抵高雄岡山。貴賓館自此亦成為「蔣公行館」，並改名為「第一賓館」。民國45年（1956）改為總統專屬行館，拆除日式空間設施，改建為西式起居空間，並增建書房、餐廳和經國先生專屬房間，同時於第一賓館南側構建一座地下戰時指揮所及密道。民國47年（1958）金門發生八二三砲戰時，蔣中正總統進駐第一賓館成立戰時指揮所。是蔣中正總統眾多行館中，唯一具有戰略設施且參與實際戰爭任務的行館。民國81年（1922）澎湖防衛司令部司令官宋川強中將，有感於第一賓館已完成歷史階段性的任務，遂有限度的開放供縣民參觀，至民國89（2000）年9月6日賴峰偉縣長與澎防部司令官協調後，軍方同意將第一賓館管理事務交還縣政府。同時間縣政府將第一賓館四周庭園景觀重新整修，與觀音亭畔互映，同為西瀛勝境。