瓊林聚落傳統建築使用材料多為磚石與木材，容易發生白蟻危害；微生物危害以軟腐菌劣化，影響為鉅，同時因聚落內建物相鄰接近，易造成大範圍的危害。民國105年（2016）金門縣文化局針對聚落內傳統建築的木構件現況進行普查，結果顯示聚落內傳統建築的木質材料普遍遭受微生物劣化及生物危害，需要以全區域大範圍的規劃及防治處理，以確保使用安全及延長使用年限。瓊林聚落傳統建築微生物及生物防治處理計畫即延續普查結果，進行聚落內傳統建築（不含古蹟及歷史建築）全區域的木質材料微生物及生物危害防治處理。同時推展古蹟木建築保存的推廣教育、扎根教育與人才培育，以「終身學習，教育扎根」為目標，提升全民對古蹟保存認知及學習日常維護作業的認識，並培訓專業人才。