臺灣最早的土地登記官方機構,成立於日治時期明治年間,是當時首批成立的21處登記所機構之一,隸屬於地方法院管轄,明治38年(1905)設置時,隸屬臺南地方法院所管轄,初期選定北港朝天宮媽祖廟作為辦公處所,直至明治42年(1909)辦公廳舍(本棟建築)竣工落成遷入,大正9年(1920),北港登記所更改為「北港出張所」,戰後又更名為「北港地政事務所」,民國39年(1950)北港地政事務所搬遷後,曾轉作北港地政事務所的地籍倉庫、救國團辦公室、地政事務所職員宿舍,最後於民國107年(2018)完成基礎調查暨修復再利用規劃設計,民國110年(2021)完成修復工程,修復工程期間更通過登錄為歷史建築。