前身為「北港製糖所」，創設於1909年7月，1911年開始運作，民國4年（1915）併入東洋製糖，民國16年（1927）轉歸大日本製糖株式會社，為當時全臺第四大製糖工廠，奠定其重要地位。二戰期間，糖廠遭美軍轟炸，廠房及倉庫群破壞嚴重。民國35年（1946）臺糖公司成立，改稱北港糖廠，民國37年（1948）恢復製糖，同年將毀於戰火的原30間規模各約99坪舊倉庫，就地整建為今日所見之24間120坪的倉庫群。北港糖廠和北港市鎮關係密切，廠區保有諸多珍貴早期糖業建築和製糖設施，雲林縣政府於民國105年（2016）7月公告歷史建築，本體包括製糖工廠、蒸汽機車庫，以及24間倉庫群。